حسین محبوبی اردکانی (زادهٔ ۱۲۹۴ - درگذشت ۲۳ آبان ۱۳۵۶) دانشمند و محقق تاریخ ایران بود. اثر مهم او کتاب تاریخ موسسات تمدنی جدید در ایران است که بارها به آن ارجاع شده و می‌شود. او در سال ۱۲۹۴ خورشیدی در اردکان متولد شد. پدرش آقا شیخ احمد نجل حاج ملاحسین (معروف به حاجی آخوند) فرزند حاج محمد علی فرزند حاج آقامحمد بود که همگی از علماء و بزرگان یزد بوده‌اند و در اردکان و یزد مرجعیت و حسن شهرت داشته‌اند.
تحصیلات ابتدایی و مقدماتی عربی را در محضر حاج شیخ محمد مدیر فرا گرفت و دوره متوسطه را در یزد و تحصیلات عالیه را در دانشسرای عالی و دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران به پایان رسانید و در سالهای پایانی عمرش به اخذ درجه دکتری تاریخ نائل آمد. مدت پنج سال ریاست دبیرستان ایرانشهر یزد را بر عهده داشت و سالها نیز دبیر آموزش و پرورش شهرستان قم بود. در سال ۱۳۴۳ از وزارت آموزش و پرورش به اداره کل انتشارات و روابط دانشگاهی تهران انتقال یافت و به سمت معاون آن اداره کل مشغول به کار شد. در طول سالهای خدمت در دانشگاه مدتی نیز در رشته تاریخ دانشکده ادبیات و علوم انسانی و مؤسسه تحقیقات و مطالعات علوم اجتماعی به تدریس پرداخت.
در ۲۳ آبانماه ۱۳۵۶ خورشیدی به خاطر بیماری سرطان مری در تهران درگذشت.