،دکتر محمد بایبوردی در دهم آذرماه 1317 در یک خانواده ای متدین و با اصل و نصب و با انضباط کاری چشم به جهان گشود و پس از اتمام تحصیلات متوسطه از کنکور سراسری با رتبه برتر از رشته مهندسی آبیاری دانشگاه تهران قبول و با توجه به هوش و ذکاوتی که همچون پدر بزرگوارش جناب سرهنگ بایبوردی داشتند با نمره ممتاز از دانشگاه تهران در سال 1341 فارغ التحصیل و موفق به اخذ درجه مهندسی آبیاری از این دانشگاه شدند. اما اتمام این مقطع محمد بایبوردی را قانع نکرد و جهت ادامه تحصیل کشور لبنان و دانشگاه آمریکایی بیروت را انتخاب و موفق به اخذ فوق لیسانس آب و خاک از این دانشگاه در سال 1343 شد و در جهت ادامه تحقیقات و پژوهش و تحصیل به کشور بلژیک رفت و مدرک فوق لیسانس دیگری را نیز از دانشگاه بلژیک اخذ کرد.
دکتر محمد بایبوردی این جوان شایسته و نخبه در دهه چهل، اخذ مدرک کارشناسی ارشد در دو گرایش نیز قانعش نکرد و عزم خود را جزم کرد و تحصیلات خود را در رشته فیزیک و مهندسی آب و خاک در دانشگاه کمبیریچ انگلستان ادامه دهد و در سال 1347 نیز با رتبه و نمره عالی که شایسته این جوان نخبه و با لیاقت ارسبارانی بود موفق به اتمام مقطع دکتری در رشته فوق گردید و در جهت تکمیل تحصیلات خود در مقطع دکتری دوره مهندسی زهکشی را نیز در دانشگاه واگنینگن هلند با استفاده از بورس تحصیلی به اتمام رساند.