هرچند «پژوهشکده حج و زیارت» نهادی تازه ‌بنیان است، اما ریشه در مجموعه ‌ای با نام «مرکز تحقیقات حج» دارد که در سال ۱۳۷۰ به عنوان یکی از نهادهای تابعه حوزه نمایندگی ولی فقیه در امور حج و زیارت تأسیس گردید. این مرکز در مدت فعالیت خود علاوه بر ارائه کارشناسی‌ های لازم، به ثمر رساندن پروژه‌ های تحقیقات و انجام خدمات پژوهشی ارزشمند، در حوزه تولید آثار علمی توانست در ابعاد مختلف حج و زیارت بیش از هشتصد اثر به جامعه علمی کشور تقدیم نماید. مرکز تحقیقات حج پس از سال‌ها تلاش علمی، توانست با کسب مجوز «شورای گسترش آموزش عالی» در ۲۱ اسفند ۱۳۸۹ به «پژوهشکده حج و زیارت» ارتقا یابد. این تحول، فرصتی به دست داد تا با ورود جدی ‌تر به فضای علمی و پژوهشی کشور و تطابق هرچه بیشتر با استانداردها و ضوابط مصوب وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، زمینه برای نگاه علمی و تخصصی به دو مقوله مهم حج و زیارت، بیش از پیش فراهم آید.