در تاریخ ۱۴ مهرماه ۱۳۳۹ آقای دکتر بقائی به قید تعهد آزاد شدند و اما موضوع این تعهد که بعدها مستمسک زندانی ساختن معظم له گردید قابل مداقه است. روزی که مقدمات آزادی آقای دکتر بقائی فراهم گردید، بازپرس نظامی قرار بازداشت ایشان را به التزام عدم خروج از حوزه قضائی تهران به مبلغ یکصدهزار ریال تبدیل و به ایشان ابلاغ کردند که با قبول قرار از زندان آزاد گردند آقای دکتر بقائی از قبول چنین تعهدی سر باز زده و در ذیل قرار تصریح کردند که هر گاه بخواهم از حوزه قضائی خارج گردم تعهد می کنم که دادرسی ارتش را مطلع سازم دادرسی ارتش هم عملا با آزاد ساختن آقای دکتر بقائی تعهد ثانوی را پذیرفتند و معظم له از زندان آزاد گردیدند. ادامه مبارزه دومین انتخابات دوره بیستم به دست شریف امامی شروع گردید و در یک محیط هولناک و خفقان آمیزی هر که را خواستند به وکالت منصوب نمودند. دکتر بقائی فرزند رشید وطن علیرغم اختناق وحشتناک مطبوعات و مجامع عمومی از پای نمی نشست و سنگر به سنگر گردانندگان این صحنه نکبت بار را تعقیب می کرد و همه مردم جهان را متوجه حق کشی ها و بیدادگری های دستگاه دولت می ساخت.
فردوس