مخزن الاسرار، چهل مقاله است که بیست و یک مقاله ی آن خردنامه و در حکمت عملی نظم یافته است و بخش دوم کتاب را تشکیل می دهد و هر مقاله به حکایتی کوتاه ختم می شود که در هر حکایت، شاعر با نظری خاص، مطلبی عام را با رمز و اشاره بیان می کند، و نوزده مقاله نخستین کتاب نیز که بعد از بخش دوم سروده شده و در آغاز کتاب قرار گرفته است، موضوعات گوناگونی دارد از قبیل «توحید و مناجات» (سه مقاله)، «در نعت رسول اکرم صلی الله و علیه و آله وسلم» (پنج مقاله) ، «در مدح ملک فخرالدین بهرامشاه و خطاب زمین بوس و سبب نظم کتاب» (سه مقاله)، «در فضیلت سخن و مرتبت سخن پروری» (دومقاله)، «در شناخت دل و خلوت های شبانه و مشاهدات عارفانه» (شش مقاله).