امامی خویی در سال ۱۳۱۸ در خوی به دنیا آمد. فوق لیسانس خود را در دانشگاه تهران گذراند و به علت علاقه بیشتر، در درس‌های گروه علوم اجتماعی شرکت می‌کرد و از ۳۲ واحد درسی فقط ۸-۷ واحد را در گروه تاریخ خواند. پایان‌نامه فوق‌لیسانس را هم با دکتر غلامحسین صدیقی در «زمینه اتحادیه‌های تعاونی کشاورزی» به پایان برد. قبل از اتمام تحصیلات و اخذ مدرک، برای ثبت‌نام در دوره دکترا به ترکیه و دانشگاه آنکارا رفت. تحصیل وی تا سال ۵۰ برای دریافت دکترا ادامه داشت. موضوع پایان‌نامه دکترای وی، «سازمان اداری مغولان» با راهنمایی استاد فاروق سومر بود و سال ۵۰ بلافاصله بعد از اتمام تحصیلات دکترا، به‌صورت حق‌التدریس و پاره‌وقت در دانشگاه شهید بهشتی مشغول تدریس شد.
در سال ۱۳۵۴ درس «تاریخ عثمانی» را در دانشگاه تهران آغاز کرد، همکاری وی با دانشگاه‌ها ادامه داشت و بعد از پیروزی انقلاب اسلامی تعداد این داشنگاه‌ها افزایش یافت و وی علاوه بر دانشگاه شهید بهشتی، در دانشگاه تهران، الزهرا و تربیت مدرس به تدریس تاریخ پرداخت. امامی خویی سال ۱۳۵۹ با سمت مدیرکل آموزش از بانک کشاورزی بازنشسته شد و با دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرری که تا سال ۷۴ همکاری پاره‌وقت داشت، به‌صورت تمام وقت به تدریس پرداخت.
