مرتضی محمودی در خانوادهای مذهبی و کشاورز در یکی از روستاهای شهرستان گیلان غرب از توابع استان کرمانشاه به دنیا آمد. دوران دبستان و سه سال اول دبیرستان را در مدرسه پهلوی گذراند و سپس وارد دانشسرای کشاورزی در کرمانشاه شد. پس از گذراندن این دوره بهعنوان معلم در آموزشوپرورش به تدریس مشغول گردید. در این دوره با ایجاد جلسه و مباحثه با همکاران فرهنگی فعالیت سیاسی خود را دنبال می کرد و به همین دلیل چند بار به شهربانی و ساواک احضار و مورد بازخواست قرار گرفت. او پیش از این با رفت و آمد به تهران در حسینیه ارشاد و جلسات دکتر علی شریعتی شرکت می نمود. در سال تحصیلی 1352 در دانشگاه تهران در رشته فلسفه و حکمت پذیرفته شد و از محضر اساتیدی چون استاد مطهری، شهید مفتح و... بهره گرفت.