مژگان خاکپور در سال ۱۳۴۷ در شهر رشت متولد شد تحصیلات ابتدایی و متوسطه خود را در زادگاهش به پایان رسانید و تحصیلات دانشگاهی خود را از سال ۱۳۶۵ در دانشگاه علم و صنعت ایران آغاز کرد.وی در سال ۱۳۷۳ با اخذ مدرک کارشناسی ارشد در رشته ی مهندسی معماری از همان دانشگاه فارغ التحصیل شد از سال ۱۳۷۵ در کنار تدریس در دانشگاه گیلان ، فعالیت های پژوهشی خود را آغاز کرده و مقالاتی در خصوص معماری روستایی گیلان در نشریات هنرهای زیبا و کندوج به چاپ رسانیده است .