شوگون ها اسما قائم مقام نظامی امپراتور بودند، اما به مدت چند قرن حکمرانان غیررسمی ژاپن به شمار می رفتند ( و اییاسو خود را از اخلاف آن ها می دانست ) . این امر قدرتی وافر به وی می بخشید که دامنه نفوذش تا همه مجامع انسانی و حتی خود دربار امپراتوری گسترش می یافت. در کیوتو، تختگاه امپراتور، شوگون را نایب الحکومه ای نمایندگی می کرد که از میان بستگان یا واسال های خود وی انتخاب می شد. اشراف دربار، که برای حفظ منافع وی منصوب می شدند، بایست سوگند ویژه ای مبنی بر وفاداری به او یاد می کردند.
همه دایمیوها کمابیش از دخالت ادو ( دولت مرکزی ) آزاد بودند. ارباب در درون مرزهای قلمرو خود منطقه ای که ممکن بود شامل یک دوجین یا بیش تر از روستاها تا یک استان کامل و گاه بیش تر باشد سلطه کامل داشت. دستگاه تحت اداره وی معمولا از روی دستگاه اداری توکوگاوا الگوبرداری شده بود. اعضای ارشد شورا از طایفه های فرعی خاندان وی یا از چند خانواده برجسته از خدمتکاران قدیمی برگزیده می شدند، در حالی که دیگر مقام ها را سامورایی های قشرهای میانی یا پایینی اشغال می کردند یا به عنوان دیوان سالار در قلعه شهر یا مقام اداری بخش های روستایی خدمت می کردند.