ملکم خان در سال ۱۲۱۲ خورشیدی در قصبه جلفا (که اکنون از محلههای اصفهان است) در خانوادهای متوسط زاده شد. پدرش میرزا یعقوب سنگتی از ارامنه جلفای اصفهان بود که اسلام آورده بود. ملکم خان برای تحصیل به فرانسه رفت و پس از بازگشت بارها به مأموریتهای سیاسی به اروپا سفر کرد.