محمد افشین وفایی در 29 مرداد 1359 در تهران متولد شد. سال 1384 مدرک کارشناسی رشتۀ زبان و ادبیات فارسی را از دانشگاه آزاد اسلامی اخذ کرد و در ادامه در دو مقطع کارشناسی ارشد و دکتری در دانشگاه تهران رتبه اول را کسب نمود. عنوان رسالۀ دکتری او"حافظ در اسناد و منابع کهن تا سال 1000 هجری" است که به راهنمایی دکتر محمدرضا شفیعی کدکنی در سال 1391 از آن دفاع کرد. او به دلیل فعالیتهای پژوهشی متعدد از سال 1387 تا کنون به عضویت بنیاد ملی نخبگان در آمده است. وفایی اکنون سمت استادیاری در دانشکدۀ ادبیات دانشگاه تهران را داراست و در آنجا به تدریس مشغول است، همچنین از سال 1387 تا کنون به صورت پاره وقت با فرهنگستان زبان و ادب فارسی همکاری دارد.