سازمان انتشارات دانشگاه مفید در سال ۱۳۸۰ زیر نظر معاونت پژوهشی تأسیس شد. این سازمان عهده دار جذب و انتشار آثار علمی و پژوهشی استادان و پژوهشگران داخل و خارج از دانشگاه است و تا کنون بیش از صد اثر علمی تألیفی یا ترجمه شده را در زمینه های فلسفه، اقتصاد، حقوق، علوم سیاسی، الاهیات، عرفان، عمومی و ... منتشر کرده که این آثار با استقبال حوزویان و دانشگاهیان روبه رو بوده است. سازمان انتشارات می کوشد تا منشورات خود را بر پایۀ اسلوب علمی که بیشتر، دستاوردهای پژوهشی دانشگاهی است، منتشر نماید. افزون بر امور وابسته به انتشار پژوهش های دریافتی، این سازمان پس از آماده سازی محتوای این آثار، فرایند چاپ و انتشار نشریات دانشگاه مفید و آثار مراکز مطالعاتی دانشگاه را به وسیلۀ نهادهای وابسته نیز بر عهده دارد.