هجرت آغاز شد؛ مسلمانان به مدینه رفتند، خواهرش رقیه نیز با عثمان که به هجرت حبشه رفته بودند، رفتند و در آخر، پیغمبر و ابوبکر نیز پنهانی مکه را ترک کردند. و فاطمه و خواهرش ام کلثوم از مکه خارج شدند؛ ناگهان یکی از اشرار قریش که در آزار پیغمبر سابقه بسیار داشت خود را به آنان رسانید و از مرکب به سختی بر زمینشان کوفت.
علی و فاطمه اکنون در خانه ای بیرون شهر، دور از زندگی و روزمرگی و شهر، زندگی می کنند در قریه قبا، هشت کیلو متری جنوب مدینه کنار مسجد قبا. اینجا همان جایی است که پیغمبر، در هجرت، پیش از آنکه به شهر وارد شود یک هفته ماند و علی که سه روز بعد از وی از مکه خارج شد در قباء به پیغمبر رسید. و سپس پیغمبر از آنجا برای نخستین بار به مدینه وارد شد و اسلام آزاد را در این شهر بنیاد کرد و مسجد خود را که خانه خدا و مردم ا ست پی ریخت و تاریخ را آغاز نمود.
ر که او را دوست می دارد، زندگی ندارد و هر که او را دوست می دارد این خود زندگی است. فاطمه اش را و علی اش را نزد خود می آورد. درست مثل خود، خانه ای از گل و شاخ و برگ و درخت خرما و درش از مسجد و دیوار به دیوار خانه خویش و دو پنجره رو به روی هم، یکی از خانه علی و دیگری از خانه محمد.